非模式生物如何寻找m6A甲基化酶同源基因？|m6A专题

前言

随着RNA甲基化研究越来越热门，在一个月（5~6.10）内就online了数十篇高分文章，老师们的关注度也越来越高了。很多研究非模式生物的老师就很疑惑了，自己的研究物种虽然有基因组注释信息，也想展开关于RNA甲基化的相关实验，但是目前报道的RNA甲基化酶大部分都只在模式生物上（人、小鼠、斑马鱼、拟南芥等），那非模式生物如何寻找m6A甲基化酶同源基因开展后续研究呢？今天的文章将会带大家解决这个问题。

根据NCBI上已报到的物种来看，许多常规物种如牛（动物）、羊（动物）、水稻（植物）等只要有完整的基因组注释信息，都可以找到对应的甲基化酶。

下面列出了截止2018年6月为止，已报到的主流的与m6A甲基化相关的酶，包括Writers、Erasers、Readers三大类。具体基因列表如下：

下面我们以WTAP酶为例，来一步步带领大家如何寻找自己研究物种的甲基化酶。

第一步，查询自己研究物种的基因组信息是否在NCBI被收录。打开NCBI官网后，以绵羊（Ovis aries）为例来查询是否有基因组信息被报道。在“Genome”一栏，从上图中可以看到绵羊有基因组注释信息。

第二步，打开NCBI官网后，进入blast模式。

第三步，如下图所示，单击进入BLAST模式后选择tblastn模式，即蛋白序列比对核酸序列模式。

第四步，在tblastn界面的Enter Query Sequence一栏输入人WTAP的蛋白序列。然后在Organism一栏输入绵羊的拉丁文，并选择Ovis aries (taxid: 9940)。

第五步，单击BLAST按钮进行blast比对。这里的Show results in a new window表示在新建窗口显示比对结果。

如下图所示，正在比对的窗口会每隔一段时间就刷新一次。

第六步，查看比对结果。如下图所示，绵羊的相关WTAP比对上的序列信息已经列在了下方。绵羊中，也有WTAP的序列信息，并且直接以WTAP来命名。

那么除了绵羊，植物是否也可以这样操作呢？答案是肯定的，以拟南芥和水稻为例，来看下blast的比对结果。

从上图中可以发现，在拟南芥和水稻中分别发现了FIP37酶是同源蛋白基因序列。根据《PlantCell》和《Developmental Cell》中已报到的文献来看，FIP37就是植物中WTAP的同源蛋白。（点此查看往期文章：拟南芥m6A甲基化酶FIP37调控茎尖分生组织发育）

由于蛋白本身行使催化的结构域极端保守，所以无论是动物还是植物，核心domain都是差异不大的。此方法可以帮助老师快速在非模式生物中找到对应的同源基因，进入下一步的验证工作：包括使用酶标仪验证total RNA中整体的m6A甲基化水平是否发生了变化，以及qPCR检测上述表格中列出的20种酶。

这么高效的方法你get了吗？

注意咯注意咯！

小编已整理了20种人RNA甲基化酶的相关蛋白序列，大家可以发送邮件至 [e-mail] 索要完整的甲基化酶蛋白序列信息。

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